 シュヴァルツによる突然の攻撃に混乱する闘技場。マシロを捕らえようとするスミスたちから逃れるため、アリカはマシロを伴って脱出する。途中で合流したエルスとなんとか市街を離れたアリカだが、そこに待っていたのはナギとスミス、そしてニナだった。風華宮やガルデローベを襲う計画がナギの作戦によるものと察知したマシロは、計画を阻止しようと、アリカとともにナギと戦う決意をする。しかし、ナギたちがアリカの前に差し向けた刺客は、なぜかいっしょに同行していたエルスだった。ショックを受け戦いに集中できないアリカをよそに、命令に逆らえないエルスはスレイブを使って攻撃を繰り返す。そしてエルスがとどめをさそうとした瞬間、アリカはナギの側近であるはずのセルゲイにピンチを救われる。救ったセルゲイの胸元から飛び出した、おじ様のために作ったハンカチに動揺しながらも、自分が救われた意味を理解するアリカ。だが、動揺していたのはこの様子を見ていたニナも同じだった。やがてセルゲイがおじ様としてアリカに援助していたことが、アリカを好きだからという理由に気づき、怒りに打ち震えるニナ。そんなニナの想いに、ナギの貴石が反応し、漆黒のローブを纏ったニナは、アリカ目掛けて襲い掛かる。ニナの攻撃に、友達同士の争いを止めようと思ったエルスは、命令に背きスレイブをふたりの間に割って入らせる。ニナのエレメントで大きなダメージを受けたスレイブは間もなく動きを止め、エルスの体は徐々に光の塵となって消えてしまうのだった。しかし、エルスを失った悲しみに暮れる間もなく、今度はアリカの怒りがニナへと向かう。アリカとニナ、互いに対する怒りを込めた一撃は、やがて周囲を大きな衝撃破で包み込んだ。
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ニナとの戦闘による衝撃破でアスワドの村近くまで吹き飛ばされたアリカは、ミドリたちに拾われ、村でお世話になっていた。そんななか、やはり村近くの砂漠で倒れ、今にもジャバルに食べられそうになっていたマシロもまた、アスワドのサイボーグたちにその命を救われ、村でアリカと再会する。やがてマシロが落ち着きを取り戻すと、アリカは、母・レナに手をかけたのが、ミドリたちアスワドだったということを聞かされ、その亡骸がシュヴァルツのスミスの手に落ちたことが、今回ヴィントを襲った騒動と関係があると教えられる。そしてミドリは、シュヴァルツの真の目的が、ガルデローベが秘匿する科学技術を強奪にあると言い、アスワドもまた、村のなかに広がる不治の病を治すため、ガルデローベのナノマシン技術が必要なのだと、その襲撃の目的を語る。ミドリから、アスワドの宿願のため、オトメの力を貸せと言われ、困惑するアリカ。オトメの力が必ずしも正義のために使われず、その結果エルスを失ったことに、オトメの存在への不信感を募らせたアリカは、泣きながら外へと飛び出していく。だが、砂漠へと飛び出したところ、突如出現したジャバルと遭遇。アリカを追い駆けて来たマシロとともにジャバルの腹へと飲み込まれてしまうのだった。
ヴィント市内で勃発したシュヴァルツによる騒乱は収まり、市内は徐々に平穏を取り戻しつつあった。騒乱の元々の首謀者・ナギは、シュヴァルツから市民を解放したヒーローとしてあがめられ、軍部と風華宮、ガルデローベの掌握にまんまと成功する。そして治安維持の名目で、貧民街に住む者たちがヴィントから追い出されると、アリカとはぐれたマシロは、彼らに紛れ、ヴィントから脱出するのだった。しかし、自らの正体を隠し、一行と砂漠を進むマシロは、終始耳にする自分の評判の悪さに、いかに自分が女王として恨まれていたかを気づかされることになってしまう。いつ自分の正体がばれるかと不安に苛まれながらも、難民たちと行動をともし続けるマシロだったが、しばらくして難民一行のなかから、マシロの女官・アオイが発見される。女王への怒りをあらわにする難民たちは、すぐにアオイを引っ立て、ヴィントから追い出されたのはすべての女王のせいだと非難し、どこかに隠れている女王を差し出すよう命令する。マシロは、アオイを助けようと近づくが、難民たちのあげる怒りの声に脚がすくみ、声も出せない。そんなマシロの姿に気づいたアオイは、自らの口を封じるかのように、崖の下へと身を投げてしまうのだった。難民たちが歓喜の声をあげるなか、マシロは、自分のせいで命を断つ決意をしたアオイに、たまらず砂漠へと飛び出す。アオイと過ごした日々、難民たちに非難された自分の女王としての行動が走馬灯のように頭を駆け巡る。だが、どこへ行くあてもなく走り続けたマシロは、やがて力尽き、砂の海へと埋もれていくのだった。
卒業記念舞闘の代表に選ばれたアリカは、自分の成長した姿を見てもらおうと、おじ様を招待することを決める。代表に選ばれたその日からハンカチづくりに一生懸命になるアリカは、そのハンカチを目印に未だ顔を知らぬおじ様と対面し、ひと言お礼を言おうと思っていたのだ。そして卒業記念舞闘を目前に、同じく代表に選ばれたニナと訓練をはじめるアリカ。ニナの厳しい特訓に息も絶え絶えだったが、エルスの作ってくれる差し入れを励みに、なんとか訓練をこなしていく。だが、そんなアリカに、代表選考争いに敗れたことを恨みに思うトモエの毒牙が忍びよる。ニナとの訓練中、浴びれば命の危険すらある液体を掛けられそうになったアリカは、ちょうど差し入れにやって来たエルスに間一髪で助けられ、事なきを得る。しかし、代わりに液体を浴びたエルスに怪我をさせたことで、アリカは逆に落ち込んでしまうのだった。しばらくして落ち込む自分を元気づけようとするエルスから散歩へと誘われたアリカは、同じく散歩中のニナと出会う。3人でこれまでの思い出を語り合ううちに徐々に元気づけられたアリカは、満天の星空の下、3人でいっしょに進級して、絶対にマイスターになろうと、約束をかわし、卒業舞闘への気合いを入れ直すのだった。卒業記念舞闘当日、舞闘よりもおじ様探しに没頭するアリカの前で、修理を終えたマシロの城のお披露目が行われる。だが、完成予想図とは違う姿を現す風華宮。やがて天守部分から突然放たれたビームがヴィント市街を襲い、闘技場の上には、スレイブの大群が空を覆い尽くしはじめる。マシロを捕らえ、ガルデローベの技術を奪おうとするシュヴァルツの作戦が開始されたのだ。
暴漢に襲われたアリカは、偶然悲鳴を聞きつけたセルゲイに助けられ、事なきを得た。だが、セルゲイの元へと向かっていたアリカは、助けられたことよりも、彼に会えたことに嬉しさを隠せないでいた。そしてしばらくすると、アリカはセルゲイへの想いを伝えようと、その恋心を打ち明け、キスを迫る。しかしアリカの想いは、キスを拒絶したセルゲイによって一瞬にして打ち砕かれてしまった。マイスターへの夢を追い入学したガルデローベ、それを恋のためだけに簡単に諦めるのかと、問われ戸惑うアリカ。さらに、そんな夢を持った人を追い落とすためにいた自分に、アリカはまんまと騙されたと、セルゲイが去り際に放った言葉に、アリカは怒り、思わず彼に手を挙げてしまうのだった。失恋を経験した翌朝、マイスターになる目的を危うく忘れそうになった自分を戒めるかのように、明るく振舞うアリカ。前日とは一変した様子に、ニナたちは不思議がるが、そんな折アリカは、マシロが部屋に閉じこもったきり出てこないので、助けて欲しいと、アオイから頼まれる。アリカのように巧海への恋心と、彼に会えない寂しさから、何にも身が入らないことを告白するマシロ。アリカはマシロを励まそうとするが、セルゲイに失恋したことを思い出してしまい、ふいに頬を涙が伝う。それを見たマシロもアリカに誘われるように泣き崩れるのだった。やがて、恋の痛みを共有したふたりは、すっきりした表情で、いつもの笑顔を取り戻す。みんなを幸せにする女王になりたいマシロ、少しの間忘れかけていたマイスターへの夢を再び追い続けたいアリカ。未来への希望を語り合うふたりだった。
ガルデローベでは、ルーテシア・ロムルスとレムスのオトメ同士が戦闘を行ったという噂が、生徒たちの間で広まりはじめていた。この戦闘が自分たちの出身国に波及しないかと心配する生徒が増えるなか、なぜかアリカだけはひとり上の空でいる。ここ数日悩んでいた胸のもやもやの原因が、セルゲイに対する想いだと気づき、今度は恋という新たな悩みを抱え込んでいたからだった。ニナたちの心配をよそに、益々授業中にボーッとする機会が増えたアリカは、ついには何をやっても身が入らない状態になってしまう。だが、今までアリカが経験したことのないこの想いは、徐々に不安という言葉に飲み込まれつつもあった。そんな矢先、アリカがセルゲイに恋をしていることに気づいたエルスが、そのことを指摘すると、アリカの不安は頂点に達する。セルゲイへの想いが日ごとに大きくなり、そのせいで、段々と自分が自分でいられなくなっていることが怖いと、エルスの前で泣き崩れるのだった。やがてエルスから、この恋が本当かどうか直接会って確かめるべきと、アドバイスされたアリカは、セルゲイの元へと走る。しかしその途中、何者かの陰謀により、暴漢たちに捕らわれてしまう……。